Don't delete that mystery empty folder. Windows put it there as a security fix

あの謎の空のフォルダを削除しないでください。Windowsがセキュリティ修正としてそこに置いたのです。

分解して解説
Don't delete 「削除しないで」という禁止の命令です。
that mystery empty folder 「あの謎の空のフォルダ」を指しており、特定されたフォルダについて言及しています。
Windows 「Windows」は、オペレーティングシステムの名前です。ここでは、Windowsがフォルダを作成した主体であることを示しています。
put it there 「それをそこに置いた」という意味で、Windowsがフォルダを特定の場所に配置したことを説明しています。
as a security fix 「セキュリティ修正として」という意味で、フォルダがセキュリティ上の理由で作成されたことを説明しています。
熟語
Don't delete ~を削除しないでください
Put it there それをそこに置いた
As a security fix セキュリティ修正として
Mystery empty folder 謎の空のフォルダ
単語
Don't ~しないで
Delete 削除する
That あの、その
Mystery 謎の、不思議な
Empty 空の
Folder フォルダ
Windows ウィンドウズ、OSの名前
Put 置く
It それ
There そこに
As ~として
A 一つの
Security セキュリティ、安全
Fix 修正、対策
9ヶ月前