If Vaccines Don’t Cause Autism, What Does?

もしワクチンが自閉症の原因でないなら、何が原因なのか?

分解して解説
If 「もし~なら」という条件を表します。
Vaccines 「ワクチン」を指します。複数のワクチンを意味します。
Don’t Cause 「~を引き起こさない」という意味です。
Autism 「自閉症」を指します。
What 「何が」という疑問詞です。
Does ここでは「cause(引き起こす)」を強調する助動詞として使われています。What does cause?で「一体何が引き起こすのか?」という意味になります。
熟語
What Does? 「何が~か?」:ここでは「何が原因なのか?」という意味で、前の文脈(ワクチンが原因でないなら、何が自閉症の原因なのか)を受けて、原因を尋ねています。
If Vaccines Don’t Cause 「もしワクチンが〜の原因でないなら」:ワクチンが特定の結果を引き起こさないという仮定を示しています。
Don’t Cause 「〜の原因でない」:特定の結果を引き起こさないことを意味します。
単語
If もし~ならば
Vaccines ワクチン(複数形)
Don’t ~しない
Cause 引き起こす、原因となる
Autism 自閉症
What
Does (ここでは「cause」を強調する助動詞)
WSJ
2週間前