What has all this restaurant food done to my gut?

このレストランの食べ物は私の腸に何をしたのだろうか?

分解して解説
What 「何」を意味し、この文では何が起こったのかを尋ねています。
has 「~を持っている」や、完了形を作る助動詞として使われます。ここでは完了形の疑問文を作るために使われています。
all this restaurant food 「このレストランの食べ物全部」という意味です。
done 「する」という動詞の過去分詞形で、「行った」という意味です。
to my gut 「私の腸に」という意味です。
熟語
What has all this restaurant food done to my gut? このフレーズは、レストランの食事が自分の腸にどのような影響を与えたのか疑問に思っていることを表しています。食べたものが消化器系に及ぼす影響について懸念している状況です。
done to ~に何をしたのか、という意味です。影響や結果を尋ねる際に使われます。
What has ... done to ...? 「~が…に何をしたのか?」という意味で、あるものが別のものにどのような影響を与えたかを尋ねる時に使われる表現です。
単語
What
Has ~は
All 全部
This この
Restaurant レストラン
Food 食べ物
Done 行った
To ~に
My 私の
Gut
5ヶ月前