Plants have a secret, second set of roots deep underground that scientists didn't know about

Plants 「植物」：一般的な植物全体を指します。

have a secret, second set of roots 「秘密の、第二の根のセットを持っている」：まだ知られていない別の根のシステムが存在することを示唆。

deep underground 「地下深く」：根が位置する場所を説明。

that scientists didn't know about 「科学者が知らなかった」：この発見が新しい情報であることを強調。

didn't know about 知らなかった：今まで認識していなかった、または気づいていなかったこと

deep underground 地下深く：地表からかなり下の場所

secret, second set 秘密の第二のセット：隠された、またはこれまで知られていなかった2番目のグループ

have a secret 秘密を持っている：公には知られていない何かを持っている

Plants 植物

have 持っている

a 一つの（不定冠詞）

secret 秘密の

second 第二の

set セット、組

of ～の

roots 根

deep 深い

underground 地下

that ～のこと、～という

scientists 科学者

didn't ～しなかった (did not の短縮形)

know 知っている

about ～について