Japan had hottest June on record: weather agency

日本、観測史上最も暑い6月を記録:気象庁

分解して解説
Japan 「日本」という国を指します。
had 「持っていた」という意味ですが、ここでは「記録した」という意味で使われています。
hottest June 「最も暑い6月」という意味です。過去の記録の中で最も暑かったことを示します。
on record 「記録上で」という意味です。過去の記録を基にしていることを示します。
weather agency 「気象庁」を指します。日本の気象に関する情報を収集・分析する政府機関です。
熟語
on record 記録上で、観測史上
weather agency 気象庁
had hottest 一番暑かった
hottest June 一番暑い6月
単語
Japan 日本
had 持っていた(ここでは「記録した」の意味)
hottest 最も暑い
June 6月
on ~に
record 記録
weather 天気
agency 庁、機関
6日前