That whole wheat bread you've been eating is often a trap - it's not what you think it is

That whole wheat bread 「その全粒粉パン」を指します。 'That'は特定のパンを指している可能性があります。

you've been eating 「あなたが食べている」という現在完了進行形です。 'you've'は'you have'の短縮形です。

is often a trap 「しばしば罠である」という意味です。

it's not what you think it is 「それはあなたが思っているものではない」という意味です。 'it's'は'it is'の短縮形です。

whole wheat bread 全粒粉パン

is often a trap しばしば罠だ

what you think it is あなたが思っているもの

it's not what you think it is それはあなたが思っているものではない

That その

whole 全体の

wheat 小麦

bread パン

you've あなたは～した（you haveの短縮形）

been ～だった（be動詞の過去分詞）

eating 食べている

often しばしば

a 一つの

trap 罠

it's それは～である（it isの短縮形）

not ～ではない

what ～こと、～もの

you あなた

think 思う

it それ